Il COVI è comandato da un
Flag Officer a quattro stelle, che ha alle dirette dipendenze un Vice Comandante e uno Stato Maggiore, articolato su tre Reparti (Operazioni, Supporto Operativo e Joint Deployable Command). Inoltre il Comandante del COVI è coadiuvato da Ufficiali Generali con la funzione di collegamento e di consulenza sugli aspetti relativi all'expertise e alle competenze della Forza Armata/Corpo della Guardia di Finanza/Ministero Affari Esteri di appartenenza.
Il Reparto Operazioni è responsabile della condotta delle operazioni nazionali/multinazionali allo scopo di consentire al Comandante del COVI l'esercizio delle previste funzioni di comando, controllo e coordinamento delle Unità e assetti interforze nazionali durante l'assolvimento dei compiti e delle missioni assegnate. Concorre alla Pianificazione Generale della Difesa in coordinamento con lo SMD-III Reparto; elabora la pianificazione operativa di contingenza e d'urgenza. Organizza le attività esercitative interforze nazionali ed internazionali; rappresenta l'entry point per tutti i concorsi operativi richiesti alle Forze Armate dalle altre Autorità Istituzionali per calamità naturali o situazioni di emergenza sul territorio nazionale.
Il Reparto Supporto Operativo è responsabile del coordinamento in ambito interforze della progettazione, realizzazione e mantenimento di tutte le infrastrutture in Teatro Operativo di interesse nazionale. Gestisce il personale assegnato ai vari Teatri Operativi, gli assetti sanitari delle operazioni e le attività finanziarie dei Contingenti. Coordina, controlla ed individua le priorità dei movimenti e dei trasporti delle forze verso/da i Teatri Operativi; disciplina gli aspetti operativi connessi con le telecomunicazioni e i sistemi informatici.
Il Joint Deployable Command è responsabile delle attività del JFHQ-ITA e del EU-OHQ.
