Il Ce.FLI è articolato su:
- Direttore
- Segreteria
- Tre Dipartimenti
Il Direttore si avvale della Segreteria e dei tre Capi Dipartimento nella sua azione di direzione e coordinamento.
Le principali aree d'interesse dei tre Dipartimenti sono ripartite come segue:
- il Dipartimento Studi e Sviluppo Normativa si occupa del monitoraggio dello sviluppo della dottrina logistica interforze a livello nazionale, la quale a sua volta è intimamente collegata all'evoluzione dottrinaria in seno alle organizzazioni internazionali cui l'Italia aderisce nel quadro della sicurezza (NATO, UE, ONU);
- il Dipartimento Formazione e Specializzazione si occupa dell'ottimizzazione della formazione logistica interforze, organizzando, sulla base delle esigenze formative di interesse della Difesa, specifici corsi nei settori della logistica operativa e di supporto alle attività di comando e controllo nelle operazioni;
- il Dipartimento Formazione Avanzata gestisce le relazioni con enti esterni alla Difesa per la realizzazione e condotta di corsi di alta formazione "post lauream".
Il personale del Ce.FLI proviene dalle Forze Armate (Esercito Italiano, Marina Militare ed Aeronautica Militare) e dall'Arma dei Carabinieri.
Nel presupposto di assolvere alla propria missione all'insegna della minimizzazione dei costi di costituzione e gestione, il Centro non dispone di docenti/istruttori assegnati in organico, pertanto ha necessità di attingere, per quanto possibile, a risorse interne all'A.D. e, ove necessario e conveniente, di esternalizzare i servizi di docenza e/o condotta della docenza.
L'organigramma del Ce.FLI è il seguente:
Il Ce.FLI è posto alle dipendenze del Presidente del CASD ed è diretto da un Generale di Brigata (o equivalente).