Il Comando Operativo (OPCOM - Operational Command) del contingente nazionale è esercitato dal Capo di Stato Maggiore della Difesa.
Il Controllo Operativo (OPCON - Operational Control) del contingente nazionale è esercitato dal Comandante di EUNAVFORMED, su delega del Capo di SMD.
Il Comandante dell’Operazione EU è l’Ammiraglio di Divisione Enrico Credendino che opera dal quartier generale operativo (OHQ) messo a disposizione dall'Italia all'Unione Europea situato all’interno dell’aeroporto militare F. Baracca, sito in Roma - Centocelle.
Il Comando del dispositivo aeronavale (Task Force di operazione Sophia) è affidato al Contrammiraglio Stefano Turchetto a bordo di Nave Luigi Rizzo.
