La Missione opera a Malta dal 1973 ed è ubicata nella località di Luqa nel medesimo complesso in cui risiede il Quartier Generale delle AFM.
Attualmente l'organico è composto da un Ufficiale della Marina Militare ed un Ufficiale Pilota dell'Aeronautica Militare.
L'incarico di Capo Missione è assegnato, di massima, su base rotazionale.
