Le impiccagioni di cittadini italiani per le quali è processo furono oggetto di una tempestiva indagine da parte del 78° Dipartimento investigativo speciale, denominato S.I.B. (Special Investigation Branch), del Quartier generale delle forze armate alleate. L'indagine, condotta sino all'estate del 1945, fu classificata con il protocollo SIB.HQ/Z/45/34. Gli atti originali dell'inchiesta del 1945 sul crimine di guerra (war crime summary) raccolti dal S.I.B. e inerenti i fatti di Branzolino e di San Tomè (rapporto SIB.HQ/X/45/6) sono stati prodotti dal Pubblico ministero all'udienza del 19.4.2006, insieme alle relative traduzioni in lingua italiana.
La documentazione comprende le informative sull'accertamento dei fatti, corredate dalle schede individuali dei ricercati - in lingua inglese - e dai verbali delle dichiarazioni delle seguenti persone (l'età di ciascuna è quella indicata nella dichiarazione).
Carmen Belli Marangoni, di 50 anni, dichiarazione del 28.6.1945. Evaristo Zambelli, di 35 anni, dichiarazione del 2.7.1945. Ezio Lega, di 24 anni, dichiarazione del 20.6.1945. Alessandra Bassetti, di 22 anni, dichiarazione del 4.7.1945. Aurelio Rossi, di 50 anni, dichiarazioni del 27.6.1945 e del 29.6.1945. Hans Hopp, di 29 anni (prigioniero di guerra, catturato il 2.5.1945), dichiarazione del 9.7.1945. Guglielmo Furgani, di 51 anni, dichiarazione del 10.7.1945. Gino Fiorentini, di 20 anni, dichiarazione del 22.6.1945. Ines Golfarelli, di 32 anni, dichiarazione del 22.7.1945. Livia Mariani Gamberini, di 67 anni, dichiarazione del 20.7.1945. Mario Cervetti, di 62 anni, dichiarazione del 19.7.1945. Ernesta Arfelli Dallamore, di 57 anni, dichiarazione del 19.7.1945. Gaetano Lugaresi, di 35 anni, dichiarazione del 19.7.1945. Domenico Sansoni, di 40 anni, dichiarazione del 18.7.1945. Celso Gori, di 20 anni, dichiarazione del 20.7.1945. Lucia Perrini, di 42 anni, dichiarazione del 25.5.1945. Elvira Zanchini Foietta, di 37 anni, dichiarazione del 19.7.1945. Maria Ruscelli Mosconi, di 45 anni, dichiarazione del 18.7.1945. Michele Guidi, di 55 anni, dichiarazione del 19.7.1945. Pasquino Buscherini, di 57 anni, dichiarazione del 19.7.1945. Elvio Vital, di 31 anni, dichiarazione del 5.7.1945. Maria Rossi Zamorani, di 60 anni, dichiarazione del 3.7.1945. Amilcare Monti, di 58 anni, dichiarazione del 5.7.1945. Costanto Biffi, di 40 anni, dichiarazione del 12.7.1945. Luigi Foschi, di 60 anni, dichiarazione del 12.7.1945. Armando Guardigli, di 34 anni, dichiarazione del 2.7.1945. Decio Lombardi, di 33 anni, dichiarazione del 2.7.1945. Marco Pordes, di 34 anni, dichiarazione del 5.7.1945. Romeo Gaudenzi, dichiarazione del 18.7.1945. Onorato Ciani, dichiarazione del 28.5.1945. Saura Dall'Agata, di 16 anni, dichiarazione dell'11.7.1945. Tali dichiarazioni sono in lingua italiana, tradotte in inglese dall'autorità alleata, ad eccezione di quelle di Alessandra Bassetti e di Marco Pordes, che sono in lingua inglese, e di quella di Hans Hopp, che è in lingua tedesca.
Comprende anche il fascicolo della Procura del Regno presso il Tribunale di Forlì, r.g.n. 995/1945, relativo alle indagini di polizia giudiziaria sull'eccidio di San Tomè (atti di indagine dell'autorità giudiziaria italiana sull'eccidio di San Tomè acquisiti dall'autorità alleata ed uniti al fascicolo dell'inchiesta sul crimine di guerra, contenenti verbali di sopralluogo, di ispezione medico legale cadaverica e di identificazione di cadavere formati in data 3.4.1945 dal Pubblico ministero; verbali del 3.4.1945 di dichiarazioni rese allo stesso Pubblico ministero da Enzo Fulgori, Maria Ruscelli Mosconi e Celso Gori; verbali del 4.4.1945 di dichiarazioni allo stesso Pubblico ministero rese da Armando Guardigli e Ermanno Foietta; attestazione del 24.5.1945 della Associazione nazionale partigiani d'Italia, sede di Forlì, sulle vittime delle impiccagioni a San Tomè).
Un sintetico riassunto dei due eccidi è già contenuto nell'annotazione a firma del capitano Middleton della sezione 78 del S.I.B., formato sulla base del rapporto del sergente Hall, a sua volta redatto dopo che questi aveva assunto informazioni, a pochi mesi dai fatti, dalle persone che avevano assistito personalmente all'impiccagione di San Tomè, o comunque che avevano ricevuto a loro volta notizie da altri soggetti, o che erano informate sui fatti o su aspetti precedenti o successivi. Una prima e sommaria annotazione di indagine, risalente al 4.2.1945, era peraltro già stata stilata anche dal sergente Morris della sezione 77 del S.I.B..
Gli atti del S.I.B. contengono inoltre l'elenco delle persone uccise nelle località di Branzolino e di San Tomè, formato sulla base delle dichiarazioni assunte dagli investigatori alleati. Indicano le unità militari e le persone che su tale base si sospettavano responsabili, e riportano la lista dei cosiddetti «reperti» (consistenti in un biglietto lasciato in casa di Guglielmo Furgani recante il nome, l'indirizzo militare e l'indirizzo dell'abitazione dello Stabsgefreiter Hans Hopp, che alloggiò in casa Furgani dal luglio all'ottobre del 1944, ed in una fotografia del Feldwebel Walter Horsfeld (in realtà Hossfeld), con la dedica «in recordo a familga Dall'Agata», da lui firmata, e consegnata al S.I.B. da Saura Dall'Agata, anche sentita come teste in dibattimento). Contengono, infine, la lista dei criminali di guerra ricercati, con le relative schede personali redatte all'esito dell'indagine, e la traduzione in inglese degli atti del procedimento penale della Procura di Forlì.
Gli atti dell'indagine del S.I.B. e di quella dell'autorità giudiziaria ordinaria italiana furono poi trasmessi alla Procura generale militare, e qui riversati in un fascicolo rimasto inevaso presso detta autorità giudiziaria militare per decenni (così come tanti altri fascicoli riguardanti crimini nazifascisti commessi in Italia).
Dalla Procura generale militare, infine, detti atti (insieme ad altri fascicoli riguardanti crimini analoghi) sono stati trasmessi alla Procura militare in sede, che al termine delle indagini preliminari ha esercitato l'azione penale nei confronti dell'imputato.