Il Vice Segretario Generale, che esplica anche le funzioni di Vice Direttore Nazionale degli Armamenti, sostituisce il Segretario Generale della Difesa in caso di assenza, impedimento o vacanza della carica.
Viene nominato secondo le procedure stabilite dalla normativa vigente sentiti il Capo di Stato Maggiore della Difesa e il Segretario Generale della Difesa ed è scelto: se militare, tra gli Ufficiali con grado di Generale di Corpo d'Armata, Ammiraglio di Squadra o Generale di Squadra Aerea in servizio permanente effettivo, appartenenti a Forza Armata diversa da quella del Segretario Generale; se civile, tra i dirigenti delle amministrazioni dello Stato.